والصحن مؤلف من طابقين وجميع جدرانه مزدانة بالقاشاني الملون وعلى حواشي الجدران العليا آيات من القرآن الكريم مسطورة بأحرف عربية متداخلة تداخلا جليا وكلها بخط كاتب معروف من أسرة آل قفطان.
وفي الصحن الشريف مجالس الوعظ والارشاد أيضا.
وفي الجهة الغربية من الصحن ساباط مرتفع تتوسطه سمارة مستديرة وأن هذا الساباط يتصل بالحضرة المقدسة. وعند المدخل للساباط يوجد باب التكية المعروف بتكية البكتاشية وكانت قديما مقبرة آل بويه الديالمة ملوك بغداد وإيران في القرن الرابع الهجري ولما فتح بغداد السلطان سليمان القانوني حولها تكية للدراويش للقضاء على آثار المدفونيين فيها كما أشار إلى ذلك الحجة السيد محسن الأمين " في مجالسه " وتقام في الصحن الشريف صلاة الجماعات في أوقات الصلوات الخمس من قبل حجج الإسلام والعلماء الأعلام البارزين في النجف الأشرف.
وتتفرع من الصحن الشريف مساجد لها أهميتها التاريخية كمسجد عمران بن شاهين ومسجد الخضرة ومسجد الرأس وسيأتي ذكرها في باب مساجد النجف.
وعلى الباب الكبير من الصحن الشريف وضعت الساعة الكبيرة التي نصبت سنة 1305 ه‍ بأمر السلطان ناصر الدين القاجاري.
ومن جهة الصحن الشمالية تتفرع الحسينية التي شيدها التاجر الوجيه السيد هاشم آل زيني والد التاجر المعروف الوجيه السيد حسن زيني، وذلك لتكون مأوى للزائرين وكانت قبل ذلك مدرسة يأوي إليها طلاب العلوم الدينية كما قيل.
وفي وسط الصحن الشريف تقع الروضة الحيدرية المقدسة وسيأتي وصفها في الباب الذي يليه.
وفي إحدى حجراته الجنوبية بقايا المكتبة الحيدرية القيمة فيها قسم من المخطوطات النفيسة التي لا توجد في غيرها.
أبواب الصحن الشريف للصحن الشريف خمسة أبواب وهي على الترتيب الآتي: