الخميس 17 محرم من سنة 953 ه‍ / 1547 م.
توفي في أصفهان في اليوم 12 شوال 1030 ه‍، كما ذكره تلميذاه السيد حسين بن السيد حيدر الحسيني الكركي العاملي، والمجلسي الأول الذي حضر وفاته والصلاة عليه (1).
وعند وفاته نقل إلى مشهد الرضا عليه السلام حيث دفن في داره بجانب مرقد الإمام عليه السلام، وقبره مشهور الآن.
قال تلميذه المجلسي الأول: " تشرفت بالصلاة عليه في جميع الطلبة والفضلاء وكثير من الناس يقربون خمسين ألفا " (2).
كلمات الثناء عليه:
1 - قال الحر في " أمل الآمل ": " حاله في الفقه والعلم والفضل والتحقيق والتدقيق وجلالة القدر وعظم الشأن وحسن التصنيف ورشاقة العبارة وجمع المحاسن أظهر من أن يذكر، وفضائله أكثر من أن تحصر، وكان ماهرا متبحرا جامعا كاملا شاعرا أديبا منشئا، عديم النظير في زمانه في الفقه والحديث والمعاني والبيان والرياضيات وغيره.
2 - قال السيد مصطفى التفريشي في " نقد الرجال ": " جليل القدر عظيم المنزلة، رفيع الشأن، كثير الحفظ. ما رأيت بكثرة علومه ووفرة فضله وعلو رتبته في كل فنون الإسلام كمن له فن واحد. له كتب نفيسة جيدة ".
3 - قال في " لؤلؤة البحرين ": " كان رئيسا في دار السلطنة في أصفهان وشيخ الإسلام فيها، وله منزلة عظيمة عند سلطانها الشاه عباس، وله صنف الجامع العباسي ".
4 - قال تلميذه المجلسي الأول: " هو شيخنا وأستاذنا ومن استفدنا منه،