إدارة الحوزة والنظام الحاكم كان نظام الحوزة العلمية في النجف الأشرف والحوزات التي سبقتها مستقلا عن سياسة الحكومات المتعاقبة ماليا وإداريا، أما الإدارة فالمرجعية هي المسؤولة عن إدارتها وشؤون طلابها، وتعتمد ماليا على ما يرد إليها من الحقوق الشرعية على يد المراجع من أنحاء العالم الإسلامي كافة.
وما تجرأت حكومة من الحكومات السابقة أن تتدخل في شؤونها، ولا سمح لها بذلك، بالرغم من محاولات بعضها.
حتى حلت ثورة عبد الكريم قاسم في العراق عام 1378 هجرية = 1958 ميلادية، وتبعتها انقلابات شيوعية وقومية، وأخيرا انقلاب حزب البعث الملحد الذي جاء بقطار الاستكبار العالمي الماسوني الصليبي الشيوعي الصهيوني، واستطاع بقوة السلاح والإرهاب، وبالتنكيل شيئا فشيئا بالمؤمنين بصورة عامة، وبالعلماء