قال بعض فضلاء الكرخ والزوراء أنه لقب بالخلاني نسبة إلى بيعه الخل، حيث كان يكتسب به تسترا بالكسب عن ضغط بعض المتعصبين من أهل الخلاف، كما كان والده عثمان بن سعيد يبيع السمن حتى عرف بالسمان، وقيل: إن من حلمه وورعه وعقليته الجبارة، ووداعته وصفائه، وكان لا يحمل حقدا على أحد قط فهو خل لكل إنسان، صاحب وصديق، فاشتهر عند الناس بالخلاني.
كان أبو جعفر محمد بن عثمان من أصحاب الإمام الهادي والإمام العسكري ونائب الإمام الحجة بن الحسن (عليه السلام)، وكانت التواقيع تخرج على يده إلى الشيعة الإمامية حدود خمسين سنة، وقد أخبر الإمام الحسن العسكري (عليه السلام) بذلك في حياته لما حضر عنده جمع من شيعته قائلا: " اشهدوا علي إن عثمان بن سعيد العمري وكيلي، وأن ابنه محمدا وكيل ابني مهديكم ".
وكان أبو جعفر ثقة عدلا أمينا بإجماع الشيعة الإمامية، وعند بعض المخالفين أيضا، ونص على وثاقته