فاستجاب لدعوة مريديه في كرمان وخراسان وكيج ومكران الذين كانوا يدعونه - دائما - إليهم، فتظاهر بالمسير إلى الحج وغادر محلات بجميع كبير من أتباعه والمقربين إليه. وقد بادر في بادئ الأمر إلى إرسال أهله وذويه إلى العتبات، ثم تحرك هو وحوالي أربعمائة شخص من مريديه صوب كرمان على عجل. وتزامنا مع اجتيازه لأرض يزد، صدرت الأوامر لحاكم هذه الولاية الأمير بهاء الدولة الميرزا بهمن بن فتح علي شاه بمنع عبور آغاخان، فعمد إلى حشد قوة من يزد ثم تحرك بها ليدرك آغاخان قبل خروجه من أرض يزد، فأدركه في كالمندوهي آخر مناطقها. فأرسل آغاخان إلى الأمير كتابا جاء فيه: " نحن زوار أولا، وثانيا: لا خلاف بيننا، فالأفضل أن تعود دون التعرض لنا، فنحن بدورنا خارجون عن أرضك ". ولما رأى الأمير الميرزا بهمن قلة جماعة آغاخان حمل الكتاب على محمل الضعف فهاجمهم. فتصدى له آغاخان بإخوانه ومرافقيه فهزمهم، ثم توجه إلى مدين بابك. وفي سيرجان وكرمان وقع اشتباك بينه وبين موظفي الدولة، وفي رشت آباد وقعت معركة بينه وبين قوات الدولة بقيادة اسفنديار خان أخي حاكم كرمان فضل علي خان القراباغي، فقتل فيها اسفنديارخان وأسر بعض قادته، ثم استولى آغاخان على قلعة مشيز، وفي تلك الأثناء بلغه أن قائد المدفعية حبيب الله خان تحرك من طهران في قوة كبيرة كما صدرت الأوامر لحاكم فارس وعمال نواحيها بالقضاء عليه. وحينئذ توجه إلى سيتان ومنها إلى قندهار وبعد مفاوضة مع الحكومة الإنجليزية أقام في بومباي، واستمر توافد المريدين عليه فأمضى بقية حياته معززا مكرما حتى توفي عام 1298 ه‍ عن عمر ناهز التسعين.
خلفه ابنه علي شاه وهو ابن (سروجهان) الابنة الثالثة والعشرين لفتح علي شاه، واستمر لقب (آغاخان) إرثا في العائلة.
ورد في تاريخ رجال إيران في القرون 12 و 13 و 14 للهجرة عن مواجهة السيد حسن علي خان (علي شاه) (أو آغاخان المحلاتي) مع حكومة محمد شاه القاجاري، كما يلي: " كانت الفوضى سائدة في جميع أنحاء إيران في زمن سلطنة محمد شاه القاجاري، وذلك لكون هذا الشاه مريضا ولصدارة الحاج الميرزا آقاسي