جعلت الكتاب أربعة أجزاء وقد كان المؤلف أو الناسخ قد جعله مجلدين وهي مسألة اعتبارية.
وبعد أن أنجزت من الكتاب ثلاثة أجزاء، ودفعت بها إلى السيد الخرسان في بيروت وفقني الله سبحانه وتعالى لزيارة الإمام الرضا عليه السلام وكان الجزء الرابع معي وهناك عثرت على عدة نسخ مخطوطة من الشافي سأشير إليها فيما يأتي فعرضت الجزء الرابع عليها، ووددت لو كانت الأجزاء الثلاثة معي لأعرضها أيضا ولكن دون ذلك أمد بعيد.
أما النسخ المخطوطة فهي:
أ - نسخة مكتبة آية الله المرعشي تقع في 238 ورقة أي 476 صفحة في كل صفحة 23 سطر وهي بخط النسخ الجميل قليلة الأغلاط، بل تكاد أن تكون خالية من الخطأ، وفي هوامشها إشارات إلى اختلاف النسخ تاريخها 21 صفر 1101 ه‍ ولم يذكر اسم الناسخ وعلى الصفحة الأولى والثانية منها تعليق لبعض الأعلام وقد قابلنا هذه النسخ مع المطبوعة من أول الكتاب إلى آخره ورمزنا إليها بحرف (خ).
ب - نسخة في المكتبة الرضوية في حرم الإمام الرضا عليه السلام برقم 761، من كتب الحكمة والكلام. بخط فارسي تختلف الصفحة الأولى عن بقية الصفحات، والمظنون أنها كانت ساقطة من الأصل فحررت هذه الصفحة بدلها تاريخ هذه النسخة كما في آخرها يوم الخميس 23 جمادى الأولى سنة 1110 ه‍ والناسخ محمد بن سعيد السعدي وقد رمزنا إلى هذه النسخة بحرف (آ) ج - نسخة أخرى في المكتبة الرضوية برقم 171، حكمة وكلام بخط نسخي عدد أوراقها 270 في كل صفحة 22 سطرا تاريخ الفراغ من