فوجه الرشيد من تسلمه، وحبسه عند الفضل بن الربيع في بغداد، فبقي عنده مدة طويلة، ثم كتب إليه ليسلمه إلى الفضل بن يحيى، فتسلمه منه، وطلب منه أن يعمد إلى قتل الإمام كما طلب من عيسى بن جعفر فلم يفعل، بل عمد إلى إكرام الإمام - عليه السلام - والاحتفاء به ولما بلغ الرشيد ذلك أمر به أن يجلد مائة سوط، ثم أخذ الإمام منه وسلمه إلى السندي بن شاهك لعنه الله، وكانت نهاية حياة الإمام الطاهرة على يده الفاجرة.
ولما كان الرشيد يخشى ردة فعل المسلمين عند انتشار خبر استشهاد الإمام - عليه السلام -، لذا عمد إلى حيلة ماكرة للتنصل من تبعة هذا الأمر الجلل، فقد ذكر أبو الفرج الأصفهاني وغيره (2): إن الإمام الكاظم لما توفي مسموما أدخل عليه الفقهاء ووجوه أهل بغداد، وفيهم الهيثم بن عدي وغيره ليشهدوا على أنه مات حتف أنفه دون فعل من الرشيد وجلاوزته، ولما شهدوا على ذلك أخرج بجثمانه الطاهر ووضع على الجسر ببغداد ونودي بوفاته. فالسلام عليه يوم ولد ويوم استشهد سجينا مظلوما مسموما، ويوم يبعث حيا.