وعنه: البخاري، ومسلم في غير الصحيح، ومحمد بن عبد الله بن عبد الحكم شيخه، وأبو عمرو بن المبارك، وإبراهيم بن أبي طالب وهم أكبر منه وأبو علي النيسابوري، وإسحاق بن) سعد النسوي، وأبو عمرو بن حمدان، وأبو حامد أحمد بن محمد بن بالويه، وأبو بكر أحمد بن مهران المقرئ، ومحمد بن أحمد بن علي بن نصير المعدل، وحفيده بن الفضل بن محمد بن إسحاق، وخلق كثير.
قال أبو عثمان سعيد بن إسماعيل الحيري، قال: ثنا أبو بكر بن خزيمة قال: كنت إذا أردت أن أصنف الشيء دخلت الصلاة مستخيرا حتى يفتح لي فيها، ثم أبتديء التصنيف.
وقال الزاهد أبو عثمان الحيري: إن الله ليدفع البلاء عن أهل هذه المدينة بمكان أبي بكر محمد بن إسحاق.
وقال أبو بكر محمد بن جعفر: سمعت ابن خزيمة يقول، وسئل: من أين أوتيت العلم فقال: قال رسول الله صلى الله عليه وسلم: ماء زمزم لما شرب له. وإني لما شربت ماء زمزم سألت الله علما نافعا.
وقال أبو بكر بن بالويه: سمعته يقول، وقيل له: لو حلقت شعرك في الحمام، فقال: لم يثبت عندي أن رسول الله صلى الله عليه وسلم دخل حماما قط، ولا حلق شعره، إنما يأخذ شعري جارية لي بالمقراض.
وقال محمد بن الفضل كان جدي أبو بكر لا يدخر شيئا جهده، بل ينفقه على أهل العلم. وكان لا يعرف سنجة الوزن، لا يميز بين العشرة والعشرين.
وقال أبو بكر محمد بن سهل الطوسي: سمعت الربيع بن سليمان وقال لنا: هل تعرفون ابن خزيمة قلنا: نعم. قال: استفدنا منه أكثر مما استفاد منا.
وقال محمد بن إسماعيل السكري: سمعت ابن خزيمة يقول: حضرت مجلس المزني يوما فسئل عن شبه العمد، فقال السائل: إن الله وصف في كتابه