وقال جعفر البرمكي: ما رأيت في القراء مثل عيسى بن يونس.
وذكر أنه عرض عليه مائة ألف درهم فقال: والله لا يتحدث أهل العلم أني أكلت للسنة ثمنا.) قال الوليد بن مسلم: ما أبالي من خالفني في الأوزاعي، ما خلا عيسى بن يونس، فإني رأيت أخذه أخذا محكما.
وقال ابن معين: رأيت عيسى بن يونس وعليه قباء محشو وخفان أحمران، يعني أنه كان بلباس الأجناد.
قال الوليد بن مسلم: أفضل من بقي من علماء العرب أبو إسحاق الفزاري، وعيسى بن يونس، ومخلد بن الحسين.
وقال محمد بن عبيد الطنافسي: يا أصحاب الحديث، ألا تكونون مثل عيسى بن يونس. كان إذا جاء إلى الأعمش ينظرون إلى هديه وسمته.
قال وكيع: وذكر عيسى: ذاك رجل قد قهر العلم.
وقال أبو زرعة: حافظ.