رأى جده، وسمع: أباه، وهشام بن عروة، وحسينا المعلم، وإسماعيل بن أبي خالد، والأعمش، والجريري، ومجالدا، وزكريا بن أبي زائدة، وعمرو بن سعيد بن أبي حسين، وعمرو مولى عفرة، وخلقا سواهم.
وعنه: حماد بن سلمة أحد شيوخه، وإسحاق بن راهويه، وأحمد، وإبراهيم بن موسى الفراء، وأبو بكر بن أبي شيبة، وسفيان بن وكيع، وعلي بن حجر، وعلي بن خشرم، ونصر بن علي، والحسن بن عرفة، وأمم.
سئل عنه ابن المديني فقال: بخ بخ، ثقة مأمون.
وقال يعقوب السدوسي: نا إبراهيم بن هاشم: سمعت بشر بن الحارث يقول: كان عيسى بن يونس يعجبه خطي، ويأخذ القرطاس فيقرأه.
فكتبت من نسخة قوم شيئا كان ليس من حديثه، فكأنهم لما رأوا إكرامه أدخلوا عليه أحاديث.
فجعل يقرأ علي ويضرب على تلك الأحاديث، فغمني ذلك. فقال: لا يغمك، لو كان واوا ما قدروا أن يدخلوا هذا علي.
وقال أحمد بن داوود الحراني: سمعت عيسى بن يونس يقول: لم يكن في أسناني أحد أبصر بالنحو مني. فدخلني منه نخوة فتركته.
قال أحمد بن حنبل: الذي كنا نخبر أن عيسى بن يونس كان سنة في الغزو وسنة في الحج، وقد قدم بغداد في شيء من أمر الحصون، فأمر له بمال، فأبى أن يقبله.
وقال أحمد بن جناب: غزا عيسى بن يونس خمسا وأربعين غزوة، وحج خمسا وأربعين حجة.