بعض الطلبة مع شرحه على زبدة الأصول، ومجلد الصلاة أيضا موجود في المكتبة المذكورة كلاهما بخط المؤلف، والشيخ مهدي توفي بعد الرجوع عن الحج في بلاد نجد، وحمل إلى النجف الأشرف بكرامة ذكر تفصيلها شيخنا العلامة النوري في دار السلام فراجعها.
(1699: شرح لواقح الصحيفة) ولواحقها، للمير الداماد، وجد بخط بعض أسباطه، رآه بعض الأفاضل.
(1700: شرح اللوامع الآلهية) للفاضل المقداد، تأليف السيد كاظم ابن السيد قاسم الرشتي الحسيني الحائري المتوفى بها سنة 1259، ذكر في فهرس كتبه أنه كتبه بالتماس المولى مشهد الشبستري.
(1701: شرح ما أشكل من مصادرات أقليدس) للحكيم أبي الفتح عمر ابن إبراهيم الخيامي المتوفى سنة 515، طبع بطهران في سنة 1414 شمسية، مع مقدمة عربية وفارسية بقلم الدكتور تقي آراني مع ذكر تصانيفه، وأصل النسخة المكتوبة عن خط الخيامي في ج 1 ص 470، كان في مكتبات ليدن (هولندا) وهو بخط مسعود بن محمد بن علي الحلفري، فرغ من الكتابة اليوم الخامس من شعبان سنة 615.
(1702: شرح ما ذكر من مسائل علم الأصول) في خاتمة مقدمات كشف الغطاء، للشيخ أحمد الأحسائي، ألفه في حياة المؤلف، ويدعو له كثيرا بقوله:
" أدام الله بقاءه " مع الاطراء، والنسخة ضمن مجموعة من كتب السيد خليفة في النجف الأشرف، نزيد على ألفي بيت.
(1703: شرح مالا يسع جهله) للشيخ نظام الدين الصهرشتي تلميذ الشيخ الطوسي، وهو أبو الحسن أو أبو عبد الله سليمان بن الحسن أو الحسين بالسين أو بالصاد ابن سليمان، أو ابن عبد الله أو ابن محمد بن عبد الله، أو ابن محمد بن سليمان الصهرشتي المعروف بنظام الدين الصهرشتي بالاتفاق، ذكره ابن