- نسبته المحمدي قد عرفت التصريح بنسبته بالمحمدي من ألقابه في كلمات علماء النسب، وغيرهم، كما وقع في الروايات، والطرق إلى مصنفات الأصحاب. وسنقف على بعضها، لكونه من ولد محمد ابن الإمام أمير المؤمنين علي بن أبي طالب (عليه السلام)، المعروف بمحمد بن الحنفية.
5 - نسبته العلوي وقد لقب ونسب جعفر الثالث هذا بالعلوي بانتهاء نسبه أبا إلى الإمام أمير المؤمنين (عليه السلام)، دون الام إلى سيدة النساء (عليها السلام)، فروى الشيخ في التهذيب في فضل الجهاد، عن أحمد بن محمد بن سعيد، عن جعفر بن عبد الله المحمدي العلوي وأحمد بن محمد الكوفي، عن علي بن العباس، عن إسماعيل بن إسحاق، ورواه الكليني في الكافي (1) أيضا.
وروى المفيد في الأمالي المجلس السادس، عن شيخه الجعابي، عن أبي العباس أحمد بن محمد بن سعيد بن عقدة الحافظ، قال: قال: حدثنا جعفر بن عبد الله، قال: حدثني أخي محمد بن عبد الله، قال: حدثنا إسحاق بن جعفر بن محمد (عليه السلام)، عن... (2).
وأيضا في المجلس العاشر، عن شيخه أبي نصر محمد بن الحسين البصير