فحبسه في حمام حار لا يشك بهلاكه، ولما فتحوا الحمام خرج السيد على كمال الصحة. وبالجملة لم يقدر عليه حتى هلك السلطان لا رحمه الله وأراح الله منه.
وللسيد مصنفات عدة، مثل " دفع المناواة 1) عن التفضيل والمساواة " في شأن علي عليه السلام بالنسبة إلى سائر أهل البيت، وقد فرغ منه رابع ربيع الأول سنة تسع وستين وتسعمائة، وكتاب " رفع البدعة في حل المتعة "، وكتاب " النفحات القدسية في أجوبة المسائل الطبرية "، وكتاب " النفحات الصدرية 2) في أجوبة المسائل الأحمدية "، وكتاب " سيادة الاشراف " 3)، ورسالة " اللمعة في عينية الجمعة "، ورسالة " الطهماسبية " في الإمامة، ورسالة " نجاسة أهل الخلاف "، ورسالة أخرى في الحكم بكفر عامتهم وسماها " دعامة الخلاف "، ورسالة في " تعيين قاتل الخليفة الثاني "، ورسالة في " التوحيد "، ورسالة في " تفسير أحل لكم الطيبات وطعام الذين أوتوا الكتاب "، ورسالة في " كيفية استقبال الميت "، ورسالة في " كيفية نية الوكيل في العقد "، ورسالة في " تحقيق معنى السيد والسيادة " 4)، وكتاب " التبصرة " في الكلام، وكتاب " التذكرة " في الكلام، وكتاب " الاقتصاد " في الكلام، وكتاب " صحيفة الأمان " في الأدعية، وكتاب " شرح الشرائع "، وكتاب " الطهارة "، و " شرح روضة الكافي "، و " التعليقة على الصحيفة السجادية "، وكتاب " عيون الاخبار " 5)