إلى بغداد سنة 652 ه‍، وبقي فيها إلى حين احتلال المغول بغداد، فشارك في أهوالها، وشملته آلامها، وفي ذلك يقول: " تم احتلال بغداد من قبل التتر في يوم الاثنين 18 محرم سنة 656 ه‍، وبتنا ليلة هائلة من المخاوف الدنيوية، فسلمنا الله جل جلاله من تلك الأهوال " (1).
وفي سنة 661 ه‍ ولي السيد ابن طاووس نقابة الطالبيين، وجلس على مرتبة خضراء، وفي ذلك يقول الشاعر علي بن حمزة مهنئا:
فهذا علي نجل موسى بن جعفر * شبيه علي نجل موسى بن جعفر فذاك بدست للإمامة أخضر * وهذا بدست للنقابة أخضر لان المأمون العباسي لما عهد إلى الإمام الرضا (عليه السلام) ألبسه لباس الخضرة، وأجلسه على وسادتين عظيمتين في الخضرة، وأمر الناس بلبس الخضرة (2).
واستمرت ولاية النقابة إلى حين وفاته، وكانت مدتها ثلاث سنين وأحد عشر شهرا (3).