ففرج الله عنه وروي أيضا انه حبسه المأمون، وقيل ان أخته دفنت كتبه في حال استتاره وكونه في الحبس أربع سنين فهلكت الكتب فحدث من حفظه ومما كان سلف له في أيدي الناس، وروى الكشي عن نصر ان ابن أبي عمير أخذ وحبس وأصابه من الجهد والضيق والضرب أمر عظيم وأخذ كل شيء كان له وصاحبه المأمون وذلك بعد موت الرضا ((عليه السلام)) وذهبت كتب ابن أبي عمير فكان يحفظ أربعين مجلدا فسماه نوادر فلذلك يوجد في أحاديثه أحاديث منقطعة الأسانيد. وعن القتيبي عن الفضل بن شاذان قال سأل أبي من محمد بن أبي عمير فقال انك لقيت مشايخ العامة فكيف لم تسمع منهم فقال سمعت منهم غير إني رأيت كثيرا من أصحابنا قد سمعوا علم العامة وعلم الخاصة فاختلط عليهم حتى كانوا يروون حديث العامة عن الخاصة وحديث الخاصة عن العامة فكرهت ان يختلط علي فتركت ذلك وأقبلت على هذا. وعن الفضل بن شاذان أيضا قال سعي بمحمد بن أبي عمير إلى السلطان وانه يعرف أسامي الشيعة بالعراق فأمره السلطان ان يسميهم فامتنع فجرد وعلق بين القفازين فضرب مائة سوط قال الفضل فسمعت ابن أبي عمير يقول لما ضرب فبلغ الضرب مائة سوط أبلغ الضرب فكدت