وينقل العلامة السيد جعفر مرتضى أن بناءه ينسب إلى علي بن مظفر.
4 - مسجد الرأس: مسجد واسع كثير الأسطوانات، بابه في ساباط الصحن الشريف، وهو قديم البناء وإلى جنبه تكية البكتاشية، وهي بناء فخم وفي غاية الإحكام يشبه بناؤه بناء الصحن الشريف وعلى طرازه، ملاصقة لمسجد الرأس، وبابه من الصحن، من أحد الأواوين بالقرب من الساباط.
5 - مسجد الشيخ الطوسي (قدس سره): وكان في الأصل دار سكنه، فأوصى أن يدفن فيه، ويجعل بعد وفاته مسجدا.
يقع في شمال الصحن الشريف، وبإزائه مقبرة العلامة السيد محمد مهدي بحر العلوم (قدس سره)، وقد جدد بناء المسجد في سنة (1198 ه‍).
6 - مسجد الهندي: يقع في قبلة الصحن الشريف، وله قصة طريفة ذكرناها في المجلد الثالث من (ذكرياتي)،