تعدى حدود الله وشريعة السماء وما لاقته الأمة من العنت والعذاب والجور، خاصة من عماله الموزعين في أصقاع العالم الإسلامي، ونتيجة ذلك انفجر المسلمون في الكوفة ومصر وغيرهما من المراكز الإسلامية الهامة زاحفين من تلكم الأقطار ثائرين على حكام المدينة وحدثت أمور مؤسفة حتى أدت إلى قتل عثمان الأموي، وثار معهم جل الصحابة وأهل المدينة من مهاجرين وأنصار، ولم يستقر أمرهم حتى بايعوا الإمام عليا أمير المؤمنين عليه السلام مجبرا.
وقد أصبح سليم بن قيس في مقدمة أصحابه عليه السلام يدافع عن إمامه بالقلم واللسان وتسجيل الحوادث أولا بأول. ثم اندلعت الفتنة الكبرى بحرب الجمل، فشهد وقعة الجمل من أولها إلى آخرها، وأصبح من شرطة الخميس، وهى الكتيبة الأولى الفدائية من الجيش تشهد الحرب وتتهيأ للموت، وهم الطليعة والنخبة الذين بايعوا الإمام على عليه السلام على الموت دونه، وهم خمسة آلاف رجل، وقد شارطوه على الموت وشارط هم على الجنة.
وقد سجل سليم في كتابه وقائع الجمل مفصلة،