وأما منزلته في العلم وحسن الخاطر فأشهر، وله كتب، وكانت له مع أبي حنيفة حكايات كثيرة، ومن جملة قضاياه مع أبي حنيفة ما رواه في باب المتعة من الكافي (1)، قال: سأل أبو حنيفة أبا جعفر محمد بن علي بن النعمان فقال:
يا أبا جعفر، ما تقول في المتعة، أتزعم أنها حلال؟ قال: نعم، قال: فما يمنعك أن تأمر نسائك أن يستمتعن ويكتسبن عليك؟ فقال له أبو جعفر: ليس كل الصناعات يرغب فيها وإن كانت حلالا وللناس مراتب يرفعون أقدارهم، ولكن ما تقول يا أبا حنيفة في النبيذ أتزعم أنه حلال؟ قال: نعم. قال: فما يمنعك أن تقعد نسائك في الحوانيت نباذات فيكتسبن عليك؟ فقال أبو حنيفة: واحدة بواحدة وسهمك أنفذ.
وكانت له مع أبي حنيفة حكايات مثيرة فمنها، أنه قال له يوما: يا أبا جعفر تقول بالرجعة؟ فقال: نعم، قال: فأقرضني من كيسك هذا خمسمائة دينار، فإذا عدت أنا وأنت رددتها إليك، فأجابه في الحال: أريد ضمينا يضمن لي أنك تعود إنسانا، فإني أخاف أن تعود قردا فلا أتمكن من استرجاع ما أخذت مني.
وقال أبو حنيفة لمؤمن الطاق: قد مات إمامك يا أبا جعفر. فقال له أبو جعفر: لكن إمامك من المنظرين إلى يوم الوقت المعلوم - يعني الشيطان الرجيم -.
وعده الشيخ (رحمه الله) في رجاله (2) تارة في أصحاب الصادق (عليه السلام) قائلا: محمد ابن النعمان البجلي الأحول، أبو جعفر، شاه الطاق.