ولما قضى أبو جعفر حجة صدر إلى المدينة فأقام بها ما شاء الله ثم توجه إلى الشام حتى صلى ب بيت المقدس ثم أنصرف إلى الرقة ثم سلك الفرات حتى نزل المدينة الهاشمية ب الكوفة ثم شخص من الهاشمية إلى نهاوند ثم أنصرف منها فحضر الموسم سنة أربع وأربعين ومائة ثم تحول إلى بغداد سنة خمس وأربعين ومائة فلم يلبث إلا قليلا حتى خرج محمد ابن عبد الله بن الحسن ب المدينة فلما بلغه خروجه انحدر إلى الكوفة مسرعا فوجه الجيوش إلى المدينة مع عيسى بن موسى وعلى مقدمته حميد بن قحطبة فقتل محمد بن عبد الله في شهر رمضان سنة خمس وأربعين ومائة وكان أخوه إبراهيم بن عبد الله خرج إلى البصرة في أول يوم من شهر رمضان فلما انتهى إليه قتل أخيه خرج متوجها إلى الكوفة وأقبل عيسى بن موسى نحوه فالتقوا ب باجميرى من أرض الكوفة فقتل إبراهيم وأصحابه في سنة خمس وأربعين ومائة وخرج أبو جعفر إلى الزوراء وهي بغداد وأتم بناءها واتخذها منزلا سنة ست وأربعين وخرج يريد الحج بالناس سنة ثمان وخمسين ومائة فمات لست خلون من ذي الحجة على بئر ميمون وقد بلغ من السن ثلاثاص وستين سنة وشهورا وكانت ولايته اثنتين وعشرين سنة وصلى عليه إبراهيم بن يحيى بن علي وقال الهيثم صلى عليه عيسى بن موسى بن محمد بن علي وولد أبو جعفر المهدي واسمه محمد وجعفرا أمهما أم موسى بنت منصور بيرية وصالحا أمه أمة يقال أنها بنت ملك