الواعظين، رساله اى نوشته بود كه گويا برخى عبارات آن موهم اين بود كه پادشاه (ناصر الدين شاه قاجار) از مصاديق اولوا الامر است و اطاعت او لازم مىباشد.
نشر اين رساله سبب شد كه برخى از علماى آن عصر او را تخطئه و تكفير كنند (1) سيد مزبور براى تبرئه خود، آن رساله را به نظر چند نفر ديگر از علماى بزرگ رسانيد و از آنان خواست كه نظريه خود را درباره او و رساله اش بنويسند.
آنان او را تبرئه كرده و گفتند: مقصودش لزوم اطاعت سلطان نبوده، بلكه مىخواسته مطلب صحيحى را بيان كند ولى عبارات او نارسا بوده كه باعث چنين توهمى شده است.
نسخه ش 1640 اين كتابخانه مقالات و مكتوبات چند نفر از آن علما است كه او را تأييد كرده اند و اين است نامشان:
آقا ميرزا محمد تقى، ميرزا أبو القاسم مدرس، حاج ميرزا فخر الدين، آقا شيخ محمد تقى، حاج ميرزا أبو القاسم بن حجة الاسلام، ميرزا أبو القاسم بن محمد نراقى وملا حبيب الله كاشانى.
مجموعه ش 1641 رساله اى است از همان حاج سيد محمد حسن، در جواب نامه حاج ملا على كنى عالم معروف تهران، كه او را تأييد كرده بوده است.