كان في زمن الحسن بن أبي الحسن لاحتاج الناس إليه لمعرفته بالحديث وفقهه وقال حاشد ابن عبد الله سمعت المسندي يقول محمد بن إسماعيل إمام فمن لم يجعله إماما فاتهمه وقال أيضا رأيت محمد بن رافع وعمرو بن زرارة عند محمد بن إسماعيل يسألانه عن علل الحديث فلما قاما قالا لمن حضر لا تخدعوا عن أبي عبد الله فإنه أفقه منا وأعلم وأبصر.
وقال الحسين بن محمد بن حاتم المعروف بعبيد العجل له ما رأيت مثل محمد ابن إسماعيل ومسلم لم يكن يبلغه ورأيت أبا زرعة وأبا حاتم يستمعان قوله وذكر له قصة محمد بن يحيى معه فقال ما لمحمد بن يحيى ولمحمد بن إسماعيل كان محمد أمة من الأمم وأعلم من محمد بن يحيى بكذا وكذا كان دينا فاضلا يحسن كل شئ وقال ابن أبي حاتم سمع منه أبي وأبو زرعة ثم تركا حديثه عندما كتب إليهما محمد بن يحيى أنه أظهر عندهم أن لفظه بالقرآن مخلوق.
وقال محمد بن نصر المروزي سمعت محمد بن إسماعيل يقول من قال عني إني قلت لفظي بالقرآن مخلوق فقد كذب وإنما قلت أفعال العباد مخلوقة وقال أبو عمر والخفاف حدثنا التقي النقي العالم الذي لم أر مثله محمد بن إسماعيل وهو أعلم بالحديث من إسحاق وأحمد وغيرهما بعشرين درجة ومن قال فيه شيئا فعليه مني ألف لعنة.
وقال مسلمة في الصلة كان ثقة جليل القدر عالما بالحديث وكان يقول بخلق القرآن فأنكر ذلك عليه علماء خراسان فهرب ومات وهو مستخف. قال وسمعت بعض أصحابنا يقول سمعت العقيلي لما ألف البخاري كتابه الصحيح عرضه على ابن المديني ويحيى ابن ؟؟؟ وأحمد بن حنبل وغيرهم فامتحنوه وكلهم قال كتابك صحيح إلا أربعة أحاديث.
؟؟؟ العقيلي والقول فيها قول البخاري وهي صحيحة.
قال مسلمة وألف علي بن المديني كتاب العلل وكان ضنينا به فغاب يوما في بعض ضياعه فجاء البخاري إلى بعض بنيه وراغبه بالمال على أن يرى الكتاب يوما واحدا فأعطاه له فدفعه إلى النساخ فكتبوه له ورده إليه فلما حضر علي تكلم بشئ فأجابه البخاري بنص كلامه مرارا ففهم القضية واغتنم لذلك فلم يزل مغموما حتى مات بعد يسير واستغني البخاري عنه بذلك الكتاب وخرج إلى خراسان ووضع كتابه الصحيح فعظم