منهج التحقيق ألف - تمت مقابلة كتاب اليقين على أربع نسخ كما يلي:
1 - نسخة (آستان قدس) ورمزنا إليها ب‍ (ق) وهي أصح من النسخ الأخرى.
2 - نسخة (ملك) الناقصة، ورمزنا إليها ب (م) وهي وإن كانت كثيرة الأغلاط إلا إنا استفدنا منها في تصحيح كثير من اللغات والجمل المبهمة والمشطوب عليها.
3 - النسخة المنتزعة من البحار وقد ذكرنا اسم (البحار) عند الإشارة إليها.
4 - النسخة المطبوعة سنة 1369 التي قوبلت بنسختين وقد أشرنا إليها بكلمة (المطبوع).
ولم يتيسر لنا المقابلة على نسختي مكتبة آية الله المرعشي ومكتبة جامعة طهران تماما إلا مراجعات في بعض الموارد مع الإشارة إلى اسمهما في الهامش.
كما تم الاستنساخ عن النسخة الوحيدة من كتاب (التحصين) والمقابلة عليها. وإليك في الصفحات الآتية صورا من هذه النسخ.
ب - عثرنا على بعض مصادر الكتاب المخطوطة كما تمكنا من المطبوعة منها، فاستخرجنا الأحاديث منها، وأشرنا إلى خصوصيات النسخ الخطية.