فشكلت لأجل هذا عدة لجان متخصصة لإخراج الكتاب بما يناسب مكانته السامية، وقدم تم الاعتماد على عدة نسخ مخطوطة في العمل، هي:
1 - نسخة منت أوائل سورة البقرة إلى الآية 120 من سورة آل عمران، محفوظة في مكتبة جامعة برنستون في أمريكا، تاريخ كتابتها سنة 567 ه‍.
2 - نسخة نفيسة قديمة من الآية 120 من سورة سورة آل عمران إلى الآية 51 من سورة المائدة، مقروءة على المصنف وعليها خطه قدس سره، محفوظة في مكتبة آية الله المرعشي العامة في قم، برقم 83، تاريخ كتابتها سنة 455 ه‍.
3 - نسخة نفيسة من الآية 11 من سورة الأنفال إلى الآية 87 من سورة هود، من مصورات المكتبة المركزية لجامعة طهران عن النسخة الأصل في تبريز، برقم 6234، تاريخ كتابتها سنة 538 ه‍.
4 - نسخة من الآية 44 من سورة هود إلى الآية 64 من سورة الكهف، محفوظة في مكتبة ملك الأهلية في طهران، برقم 174، تاريخها سنة 566 ه‍.
5 - نسخة من بداية سورة الصافات - إلى نهاية القرآن الكريم، من مصورات معهد المخطوطات العربية في الكويت عن النسخة الأصل في مكتبة الأحقاف في حضرموت، تاريخها سنة 595 ه‍.
6 - نسخة من الآية 11 من سورة الذاريات إلى نهاية القرآن الكريم، من مصورات مكتبة الإلهيات في مشهد عن نسخة الأصل في مكتبة حاجي أوغلو، تاريخها سنة 581 ه‍.
* منن الرحمن في شرح قصيدة " الفوز والأمان في مدح صاحب الزمان ".
تأليف: العلامة الأديب الشيخ جعفر النقدي، المتوفى في النجف الأشرف سنة 1370 ه‍.
وقصيدة " الفوز والأمان " من نظم الشيخ بهاء الدين محمد بن الحسين العاملي، المشتهر بالشيخ البهائي - المتوفى سنة 1030 ه‍ -، كان أحمد بن علي المنيني - المتوفى سنة 1172 ه‍ - في كتابه " فتح المنان " فأبان فيه عن سوء نية وخبث طوية، فكان شرح الشيخ النقدي - رحمه الله - هذا شرحا قيما وافيا وردا على المنيني فيما افتراه.
وقد حقق طاهر أحمد الزاوي شرح المنيني هذا وألحقه في آخر الجزء الثاني من تحقيقه