كان معاصرا لابن سينا، وشبهته في التوحيد وهي مبتنية على أصالة الماهية وكون الوجود أمرا انتزاعيا كما هو المشهور عند قدماء الحكماء، ولذلك ترك الفلاسفة المتأخرون كالمولى صدر الدين الشيرازي، والمولى هادي السبزواري، والمدرس الزنوزي، وغيرهم، قول القدماء كابن سينا، والخيام، وشيخ الاشراق، والخواجة الطوسي، ونظرائهم وقالوا بأصالة الوجود لدفع هذه الشبهة لكن الفاضل المعاصر الشيخ محمد صالح المازندراني الحائري ألف كتابه (ودايع الحكم) وأثبت فيه أصالة المهية وشرح رسالة الخيام في تلك المسألة، وذكر ان دفع شبهة ابن كمونة لا يتوقف على الالتزام بأصالة الوجود فان الشبهة تندفع بدليل الفرجة المروي عن الإمام الصادق عليه السلام، ومر في ج 6 ص 248 (حثيث الفلجة في شرح حديث الفرجة).
(شبهة ابن كمونة) المعروفة بالجذر الأصم في مسألة كل كلامي كاذب ومرحلها بعنوان (حسرة الفضلاء) في ج 7 ص 13 وبعنوان (الجذر الأصم) في ج 5 ص 92.
(شبهة ابن كمونة) في قدم الحوادث اليومية. وحلها في كتاب (حديقة الأنوار) المذكور في ج 6 ص 381.
(69: شبهة الاستلزام) تقريرها أنه إذا لم يكن وجود الشئ مستلزما لرفع أمر واقعي في نفس الامر لابد ان يكون موجودا إذ لو كان معدوما في نفس الامر لكان وجوده مستلزما لرفع أمر واقعي، وقد كتب جمع من الأصحاب في تقرير هذه الشبهة وحلها عدة رسائل منها ما كتبه المحقق الآغا حسين الخوانساري، أوله: الحمد لله الذي لا شبهة لوجوده. وآخره: هو عنا راض والله المستعان على كل حال. كانت نسخة منه في تبريز عند السيد محمد مولانا، ومر في ج 7 ص 69 (حل شبهة الاستلزام) للمولى مراد (70: الشبهة المحصورة) من المسائل الأصولية التي استقلت بالتدوين، زائدا على بسطها وتفصيلها في موضعها من كتب الأصول. للعلامة السيد الميرزا محمد حسين ابن الميرزا محمد علي الشهرستاني الحائري المتوفى سنة 1315 ه‍. رأيتها