عاد اتهمه حسدته بتأسيس مذهب جديد في الدين سموه المذهب الجمالي فقبضت عليه الحكومة (سنة 1313) وسألته. فرد التهمة فأخلى سبيله واعتذر إليه والي دمشق. فانقطع في منزله للتصنيف والقاء الدروس العامة والخاصة ونشر أبحاثا كثيرة في المجلات والصحف وقيل أن مصنفاته تنوف على اثنين وسبعين مصنفا ومما قاله جرجي أفندي الحداد في رثائه ثم يا جمال الدين غبر مروع * أن الزمان بما ابتليت كفيل فستعرف الأجيال فضلك في غد * أن كان لم يعرفه هذا الجيل (المشرق جزء 24 ص 293) 1 - الأجوبة المرضية - عما أورده كمال الدين بن الهمام على المستدلين بثبوت سنة المغرب القبلية. مط المقتبس دمشق 1326 ص 37 2 - ارشاد الخلق إلى العمل بخبر البرق - مط المقتبس دمشق 1329 ص 104 3 - الاسراء والمعراج - دمشق 1331 4 - أوامر مهمة في اصلاح القضاء الشرعي - في تنفيذ بعض العقود على مذهب الشافعية وغيرهم مط الترقي دمشق..
5 - الأوراد المأثورة - بيروت 1320 6 - تاريخ الجهمية والمعتزلة - صيدا 1320 ص 84 7 - تعطير المشام في مآثر دمشق الشام - رأيت هذا الكتاب في رسالة مسماة اختيارات أحمد بن تيمية ولكن لم أتحقق كونه طبع أولا 8 - تنبيه الطالب إلى معرفة الفرض والواجب مط والدة عباس مصر 1326 9 - جوامع الآداب في أخلاق الأنجاب - مط السعادة 1339 - 1921 ص 151