السيد المرعشي رقم 3363 ذكرت في فهرسها 9 / 138.
12 - مخطوطة من القرن 8 أو 9 عليها حواشي منه وفي نهايتها سؤال وجه إلى ابن المصنف عن مصطلحات والده رحمه الله ورموزه التي استعملها في كتاب القواعد وجواب فخر المحققين على هذا السؤال وبيان المصطلحات والرموز مكتوبة عن خطه رحمه الله.
وهي في المكتبة المركزية بجامعة طهران رقم 3560 ذكرت في فهرسها 12 / 2580.
13 - مخطوطة كتبها هبة الله بن محمد الاسترآبادي التفائي وفرغ يوم الاثنين غرة ذي القعدة سنة 830 برسم سعد الدين ابن مجد الدين بن فضل الله، نزيل مشهد الرضا عليه السلام عليها حواش وتصحيحات.
وهي في مكتبة السيد المرعشي رقم 2805 ذكرت في فهرسها 8 / 7.
14 - مخطوطة كتبت حدود سنة 837 ولعلها بخط الحسن بن حمزة الحسيني الموسوي النجفي فقد قرأه على جعفر بن أحمد بن مكي بن الحسن فكتب له سماعا وإجازة أطراه فيها بقوله:
قرأ علي السيد المولى العالم العامل مفخر آل طه وياسين الفائق على أقرانه، سلالة آبائه المعصومين السيد عز الدين حسن ابن السيد السعيد الطاهر السيد حمزة ابن المولى النقيب الطاهر أبو القاسم بن محسن الحسيني هذا الكتاب... من أوله إلى آخره قراءة مهذبة مرضية تشهد بفضله وغزارة علمه وسأل في أثناء قراءته وتضاعيف مباحثته عما استشكل عليه من فقه الكتاب فبينت له ذلك بيانا شافيا وأوضحت له ايضاحا كافيا وقد أجزت له ان يروي عني ذلك كما أجازني شيخي المولى الإمام قدوة